Fratrædelsen sker i kølvandet på afsløringer fra Panama Papers, der kan være den største nogensinde om international skatteunddragelse.
Ifølge avisen El Pais var erhvervsministeren, José Manuel Soria, administrator af selskabet Mechanical Trading Limited, som er indregistreret på den britiske kanalø Jersey.
Virksomheden var hovedaktionær i Oceanic Lines, som Soria var formand for. Ministeren har tidligere afvist, at han skulle have selskaber, som var indregistreret i skattely.
Soria har afvist, at han har gjort noget, som er i strid med loven.
DR vil ikke udlevere omstridte Panama-papirer
Finanstilsynet jubler over politisk opbakning
Politisk flertal vil styrke Finanstilsynet efter Panama-skandale